" Rien ne se perd, rien ne se crée, tout se transforme ". Voilà qui résume bien la situation hydrobiologique d’un cours d’eau. L’étude du bassin versant, de sa géologie, du climat, des biotopes, nous permettent de classer les rivières entre elles et d’établir un profil schématique pour chacune d’entre elles. Pour chaque rivière nous pouvons détailler la notion d’écosystème et de réseaux trophiques. La connaissance de la biocénose et de ses divers acteurs, nous permet d’évaluer la qualité d’un cours d’eau. Le bassin versant est une zone géographique dans laquelle toute eau tombée va se rassembler pour former un cours d’eau. La géologie des sols, le climat, les ouvrages d’art influent sur le régime de la rivière. Une forte capitalisation des précipitations sous forme de neige, nous donnera un régime nival avec des eaux fortes à la fonte des neiges. Le régime estival au contraire représente une rivière régulière par son débit, typique des rivières de plaine. La majeure partie des cours d’eaux français ont un régime mixte, caractérisé par deux périodes de fortes eaux (printemps et automne).

     Dans la définition d’un cours d’eau, deux choses sont à retenir : le lit et l’eau en mouvement. Le lit de la rivière ne se résume pas à l’image que l’on a en un instant " T ", il faut considérer deux lits. Le lit mineur correspond au débit d’étiage et le lit majeur au niveau maximal lors de crues. Le profil en long de la rivière est déterminé par la vitesse du courant.
Cinq zones caractérisent ce milieu :

• La source, peu propice à la production piscicole.

• Le cours supérieur ou "rithron".

• Les cours moyens et inférieurs constituant le "potamon".

• L’embouchure, zone frontière très riche.

     Au fur et à mesure que l’on descend vers l’embouchure la vitesse du courant s’abaisse entraînant un réchauffement des températures, une baise du taux d’oxygène dissous, une forte sédimentation. Les facteurs abiotiques ont donc un rôle primordial pour un cours d’eau. Le recalibrage d’une rivière avec enrochement des berges modifiera les vitesses de courant influant sur le lit de la rivière, le biotope et la biocénose. Les stations de pompages installées sur la nappe phréatique en communication avec la rivière peuvent abaisser le niveau de la nappe diminuant ainsi leur pouvoir épurateur, la rivière alimentant la nappe par l’intermédiaire de son lit. Pour bien comprendre une rivière il ne faut pas la dissocier de son bassin versant, car en tout point du bassin versant naît la rivière.

     La même classification de la rivière peut être faite à partir de la faune piscicole. En effet, chaque biotope (ensemble des facteurs physiques) regroupe un ensemble de niches habitant des espèces spécifiques. Chaque biotope déterminant la biocénose (ensemble des facteurs biologiques) nous retrouverons une évolution de la présence des invertébrés et de la végétation de la source à l’embouchure. Sur le cours supérieur se situe la zone à truite et la zone à ombre, avec une faune exigeante sur la qualité de l’eau. Sur le cours moyen va se trouver la zone à barbeaux, avec une disparition progressive des truites et une apparition des perches et des brochets mieux adaptés à des eaux plus lentes et moins oxygénées. Enfin la zone à brème sur le cours inférieur, avec la présence de nombreuses espèces planctophages servant de " fourrage " aux carnassiers. Pour toutes ces zones, l’étude de la faune des invertébrés va nous permettre d’évaluer la qualité biologique d’un cours d’eau en se basant sur la sensibilité de chaque espèce ou groupe faunistique. Une grande diversité d’espèces avec un nombre restreint d’individus est un gage de bonne qualité des eaux. Au contraire, peu d’espèces représentées par de nombreux individus est indicateur d’un milieu dégradé.

     A une espèce de poisson donnée correspond un biotope ou une qualité d’eau donc une biocénose, c’est à dire une faune et une flore spécifique. On peu donc relier la présence de " truites de souche "dans un milieu à la présence de niches spécifiques, d’une qualité d’eau spécifique, d’une faune invertébrée spécifique. Cette chaîne alimentaire articulée autour d’une espèce est un réseau trophique, plusieurs réseaux trophiques formant une chaîne alimentaire. La base de la chaîne alimentaire est constituée par les sels minéraux, qui utilisés par les végétaux sous l’action de la photosynthèse produisent de la matière organique. Ces producteurs sont consommés par des consommateurs primaires (herbivores, détritivores...), eux mêmes consommés par des consommateurs secondaires, ainsi de suite jusqu’au super-prédateur, dernier maillon de la chaîne avant le retour à la case départ par l’intermédiaire des décomposeurs (bactéries, etc.).